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基因组测序 de novo基因组测序 真菌基因组测序

真菌基因组测序 案例解读 留言咨询

真菌属于较低等的真核生物,种类繁多,在自然界中分布广泛。据估计,全世界约有150万种真菌,其中包含许多具有重要药用价值和食用价值的有益真菌,同时也存在着大量能引发动植物病害的致病菌。因此,合理利用有益真菌,控制和预防有害真菌对人类的生产和生活具有重要的意义。而真菌基因组的阐明,将为真菌特性的分析提供重要依据。随着高通量测序技术的成熟,基因组测序成本已大大降低,使得快速而经济的进行真菌基因组测序成为可能,目前真菌基因组学研究已经进入了一个快速增长时期。 

1。真菌基因组扫描图

构建Illumina PE~400bp)文库,通过Illumina Hiseq平台测序并进行de novo基因组组装,初步获得基因组序列和功能注释信息。

2。真菌基因组精细图

构建IlluminaPacbio文库,通过IlluminaPacbio Sequel平台测序并进行de novo基因组组装,获得基因组精细图并进行深度生物信息挖掘。


美吉优势

         拥有交互式真菌基因组云平台,分析内容全面数据交付快速,性价比更高;

         拥有标准化操作实验室和高通量测序技术平台,实验周期短,质量可靠;

         拥有多种测序平台和强大的计算机资源,提供最佳的测序解决方案和快速的数据分析平台;

         技术人员经验丰富,可根据客户需求提供实验方案、解决实验问题、分析实验结果;

         拥有专业的生物信息团队,可提供个性化的生物信息分析服务;


实验流程



生信分析



技术参数


1.承诺指标

1)样本要求:单核体;重复序列占基因组总大小的0。5%;基因组杂合度小于0。5%;不存在共生微生物;

2Illumina平台:每个样品提供约定的测序量,测序质量Q30达到80%以上,整体测序覆盖深度不低于100倍,基因组单碱基错误率平均低于十万分之一;

3Pacbio平台:scaffold N501M,单碱基错误率平均低于十万分之一

2。项目周期(从质检合格到标准分析结束)

真菌扫描图:25-30自然日

真菌精细图:50-60自然日

3.送样要求

1)样品类型:DNA/菌体;

2菌体样品需求量:

培养收集单核的真菌组织;菌体培养不要太晚,最好在未产生菌丝或者菌球之前收集菌液,菌液离心富集弃去上清后送沉淀,2ml离心管装满3管送样(具体操作:离心后弃掉上清,继续离心菌液到原离心管中,弃上清直至装满);

将装有菌体沉淀的离心管在干冰/冰袋条件下寄送,或是暂时存放于-80℃后再干冰/冰袋寄送。另送1-2份样品备份

样品是从自然界中直接分离的真菌组织,如食用真菌,尽量采集新鲜样品,将组织置于75%乙醇中进行消毒(时长根据组织的大小及生长换将而定),然后用ddH2O漂洗数次,洗去污渍及残留的乙醇采用干冰寄送

3DNA样品需求量:

扫描图基因组DNA:双链DNA总量1μg,浓度20ng/µLOD260/280=1.8-2.0OD260/230=1。8-2。2DNA的主峰带明显且在2kb以上,无明显RNA污染

精细图基因组DNA双链DNA总量≥15μg浓度≥50ng/µL,OD260/280=1.8-2.0,OD260/230=1.8-2.2DNA的主峰带明显且在15kb以上,无明显降解无明显RNA污染

为了避免DNA样品的降解,寄送过程中务必保证足够的干冰/冰袋,避免样品反复冻融,送样时注明溶剂组分

注:老师在拿到DNA胶图后,如不确定样品是否合格,可在送样之前先将胶图发送到mdna@majorbio。com,由技术人员评估确认后再进行样品寄送;病原微生物只接受DNA样本。

美吉客户文献案例一:红毛癣菌和紫毛癣菌基于基因组的系统进化分析[1]

 

红毛癣菌和紫毛癣菌是人类皮肤真菌感染的常见病原菌,前者可感染皮肤和指甲,而后者仅感染头皮。这两个物种在表型上不同,但在系统遗传学上高度相似。文章基于ITSLSUTUB2EF3RP 60S L1和全基因组序列,将分子系统发育和生态数据结合起来,重新进行皮肤真菌的系统分类。结果发现Trichophyton rubrumTrichophyton Violaceum序列有99%的同源性,表型的差异可能是由于一些特有基因、分泌蛋白、黏附素、代谢途径的差异导致的。




图一:基于ITS的进化分析

图二:基于ITSLSUTUB2EF3RP 60S L1的进化分析

图三:基于全基因组的进化分析


参考文献:

[1]Zhan P , Dukik K , Li D , et al. Phylogeny of dermatophytes with genomic character evaluation of clinically distinct, Trichophyton rubrum, and, T。 violaceum[J]. Studies in Mycology, 2018:S0166061618300071.

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